Nach dem Zusammenfluss seiner Quellflüsse fließt der Schwarze Regen Richtung Südwesten und vor der Kreisstadt Regen durch den Regener See. Danach knickt er nach Nordwesten ab verläuft bis nach Viechtach durch eine abgelegene Landschaft, die aufgrund ihres Erscheinungsbildes gerne als „Bayerisch Kanada“ bezeichnet wird. Hier liegen die beiden Wildwasserabschnitte Bärenloch und Altriegel (Gumpenrieder Schwall), die bei Kanufahrern sehr beliebt sind. Für die beiden Abschnitte, in denen schon einige zu Tode kamen, sind Erfahrung und Wildwasser-Ausrüstung erforderlich, im Bärenloch sind Rettungsweste und Helm Pflicht[4].
Nach einem Laufabschnitt durch unbesiedeltes Gebiet fließt er durch Teisnach, wo der gleichnamige Fluss in den Schwarzen Regen mündet. Im Ort ist die Papierfabrik Teisnach angesiedelt, die der Fluss mit Wasser für das Papier versorgt. Weiter unterhalb nach Viechtach verläuft der Schwarze Regen durch zwei Stauseen. Er durchfließt erst den Höllensteinsee, passiert danach die Regierungsbezirksgrenze von Niederbayern zur Oberpfalz und läuft anschließend durch den Blaibacher See. Unterhalb davon, zwischen Bad Kötzting und Blaibach vereinigt er sich als längerer (insg. 84 km) und wasserreicherer (20,7 m³/s) Quellfluss mit dem Weißen Regen (38 km, 4,5 m³/s) zum Regen.
↑Pegelwert Sägmühle vermehrt um den Gebietsabfluss des Resteinzugsgebietes (9l/s.km² auf 162,12 km²), ermittelt für das Zwischeinzugsgebiet der Pegel Sägmühle (Schwarzer Regen), Kötzting (Weißer Regen) und Chamerau (Regen)
