Schluchtern wurde 767 in einer Schenkungsurkunde des Klosters Lorsch als „Sluhtra“ erstmals genannt. Bis ins hohe Mittelalter gehörte der Ort zur Großgartacher Gemarkung. Als der Ort sich später mit etwa einem Drittel der Fläche verselbständigte, blieb er im Norden und Süden von Großgartacher Gebiet umschlossen.
Im Jahr 1774 gab es in Schluchtern zwei Kirchen, drei Schulen und 77 Häuser. Bis 1803 wuchs der Ort auf 91 Häuser an. Die Bewohner bewirtschafteten 1030 Morgen Äcker und 102 Morgen Weinberge.
Am 25. Juni 1945 verfügte die amerikanische Militärregierung in Heilbronn die Einfügung der badischen Gemeinde in den württembergischen Landkreis Heilbronn.
Am nördlichen Talhang der Lein wuchs Schluchtern durch Neubaugebiete im Westen „Ob dem Schweigerner Weg“ (1956), im Norden „Neugärtie“ (1956) und im Osten auf Großgartach zu („Kiesberg“ 1970). Im Süden entstand nahe der Bahn das Neubaugebiet „Eichbott“ (1950).
↑Das Land Baden-Württemberg. Amtliche Beschreibung nach Kreisen und Gemeinden. Band IV: Regierungsbezirk Stuttgart, Regionalverbände Franken und Ostwürttemberg. Kohlhammer, Stuttgart 1980, ISBN 3-17-005708-1. S. 104–106 sowie Nachtrag in Bd. VIII, Stuttgart 1983, ISBN 3-17-008113-6, S. 661