Samding wurde vermutlich gegen Ende des 13. Jahrhunderts gegründet und war das einzige tibetische Kloster mit einer weiblichen reinkarnierten Äbtissin, der Samding Dorje Phagmo. Während der Kulturrevolution wurde das Kloster vollkommen zerstört, 1985 begann man mit dem Wiederaufbau. Mitte der 1990er Jahre lebten in Samding rund 50 Nonnen.
Das Kloster Samding hat Lionel Davidson zu seinem 1962 erschienenen Roman The rose of Tibet (deutsch: Die Rose von Tibet) angeregt. Darin gibt es ein fiktives Kloster namens Yamdring, dessen Name den des realen Kloster und den des nahegelegenen Sees verschmilzt.