Im Jahre 1619 wurde er, da er politischer und religiöser (Remonstranten) Parteigänger von Johan van Oldenbarnevelt war, gemeinsam mit dessen bedeutendem Mitstreiter Hugo Grotius mit einer lebenslangen Haftstrafe auf der Festung Loevestein belegt. Im Jahre 1625 wurde Hogerbeets aber durch einen Gnadenakt wieder in die Freiheit gesetzt.