Niederhausers erste schriftstellerische Versuche reichen in seine Lehrjahre zurück. Seit 1988 lebt er als freier Schriftsteller in Basel. 1989 nahm er am Ingeborg-Bachmann-Wettbewerb in Klagenfurt teil.
2014 ist sein Roman Seltsame Schleife erschienen, an dem er in den letzten 20 Jahren geschrieben hat.
Rolf Niederhauser ist Verfasser von Romanen, Gedichten und Theaterstücken.
Mann im Überkleid. Ein Rapport. Huber, Frauenfeld 1976, ISBN 3-7193-0531-7.
Ein paar junge Leute haben es satt zu warten auf das Ende der bloßen Vermutung, daß es bessere Formen menschlicher Gemeinschaft gibt. Luchterhand, Darmstadt 1978 (über die Genossenschaft Kreuz in Solothurn).
erweiterte Neuauflage: Der gesunde Menschenversand, Luzern 2023, ISBN 978-3-03853-988-9 (= Essais agités. 11).
Kältere Tage in sieben Bildern. Luchterhand, Darmstadt 1980, ISBN 3-472-86506-7.
Alles Gute. Fußnoten zum Lauf der Dinge 1980–1985. Luchterhand, Darmstadt 1987, ISBN 3-472-61694-6.
Nada oder Die Frage eines Augenblicks. Roman. Luchterhand, Darmstadt 1988, ISBN 3-630-86678-6.
Requiem für eine Revolution. Tagebuch Nicaragua. Luchterhand, Frankfurt am Main 1990, ISBN 3-630-61962-2.