Baduel wurde 2008 von einem Militärgericht wegen angeblicher Untreue in Zusammenhang mit einem Rüstungsgeschäft beschuldigt und 2009 verhaftet, was Baduel als politisch motiviert bezeichnete.[5][6] In ihrem Jahresbericht 2010 nannte die weltweit tätige Menschenrechtsorganisation Human Rights Watch den Fall als Beispiel für Verfolgung politischer Gegner des Präsidenten.[7][8][9]
Im Mai 2010 wurde Baduel zu einer Haftstrafe von sieben Jahren und elf Monaten verurteilt. Gleichzeitig durfte er lebenslang nie wieder ein öffentliches Amt übernehmen.[10] Er beteuerte nach wie vor seine Unschuld.[11] Am 13. August 2015 wurde er nach mehr als sechs Jahren Haft auf Bewährung entlassen.[12] Kurz vor Ablauf der Bewährungsfrist im März 2017 wurde Baduel am 12. Januar des Jahres erneut verhaftet.[13] Ihm wurde vorgeworfen, eine Gruppe von acht Verschwörern angeführt zu haben, um einen Putsch gegen Präsident Nicolás Maduro durchzuführen. Ihm drohten 25 weitere Haftjahre.[14]
Ende Juni 2019 behauptete die venezolanische Regierung, dass es ein versuchtes Attentat, geplant von hochrangigen Ex-Militärs „mit Unterstützung der USA, Kolumbiens und Chiles“, gegen Präsident Maduro gegeben hätte. Man habe ihn durch Raúl Baduel ersetzen wollen.[15]
Raúl Baduel starb am 12. Oktober 2021 in einem Gefängnis in Caracas an den Folgen einer SARS-CoV-2-Infektion.[16]
↑Human Rights acusa a Chávez de neutralizar al Poder Judicial In: El Universal, 21. Januar 2010. Abgerufen am 1. Februar 2010 (spanisch). „HWR también cuestionó los procedimientos judiciales iniciados contra el ex gobernador del Zulia y ex alcalde de Maracaibo, Manuel Rosales; y contra el ex ministro de la Defensa, Raúl Baudel, por considerarlos una demostración del uso de los tribunales para perseguir a adversarios del Gobierno.“