Als einziger slowakischer Bischof protestierte Gojdič während des Zweiten Weltkriegs öffentlich gegen den Holocaust. Darüber hinaus ließ er Hunderte von Juden pro forma taufen, um sie vor dem Völkermord zu retten. Im Jahr 2007 erhielt Bischof Gojdič dafür posthum von der Holocaust-Gedenkstätte Yad Vashem die Auszeichnung als Gerechter unter den Völkern.[2][3]
Nach der kommunistischen Machtergreifung in der Tschechoslowakei wurde Gojdič 1950 gemeinsam mit seinem Weihbischof Vasiľ Hopko und anderen griechisch-katholischen Geistlichen, die sich der Unterdrückung ihrer Kirche durch den Staat widersetzten, verhaftet.
Gegen Gojdič und die katholischen Bischöfe Ján Vojtaššák und Michal Buzalka wurde ein Schauprozess geführt, bei dem er im Januar 1951 zu einer lebenslangen Haftstrafe verurteilt wurde. Nach den jahrelangen Martyrien in der Gefangenschaft verstarb Gojdič an seinem 72. Geburtstag im Gefängniskrankenhaus von Leopoldov.