Besonders bekannt ist sein materialreiches Werk über Suggestion und Hypnotismus in der Völkerpsychologie. «Der Zweck, den ich mit meiner Arbeit verfolgte, war der, die Aufmerksamkeit der Ethnologen auf eine Kategorie von psychologischen Erscheinungen zu lenken, die bis jetzt auf ethnologischem Gebiete sozusagen keine Beachtung gefunden haben (…)» (aus dem Vorwort).
Otto Stoll fand seine letzte Ruhestätte auf dem Friedhof Rehalp in Zürich.
Schriften (Auswahl)
Zur Ethnographie der Republik Guatemala. Zürich: Orell Füssli, 1884.
Guatemala. Reisen und Schilderungen aus den Jahren 1878–1883. Leipzig, 1886.
Biologia Centrali-Americana / Arachnida – Acaridea. London: Taylor and Francis, 1886–1893.
Die Sprache der Ixil-Indianer. Ein Beitrag zur Ethnologie und Linguistik der Maya-Völker. Nebst einem Anhang. Wortverzeichnisse aus dem nordwestlichen Guatemala. Leipzig: Brockhaus, 1887.
Suggestion und Hypnotismus in der Völkerpsychologie. Leipzig: Koehler, 1894; 2. umgearbeitete und vermehrte Auflage: Leipzig: Veit, 1904. Digitalisat
Zur Zoogeographie der landbewohnenden Wirbellosen. Berlin: Friedländer, 1897.
Das Geschlechtsleben in der Völkerpsychologie. Leipzig: Veit, 1908.
Zur Kenntnis des Zauberglaubens der Volksmagie und Volksmedizin in der Schweiz. Zürich: Buchdruckerei von F. Lohbauer, 1909.
Literatur
Johannes Strohl: Otto Stoll (1849–1922): Mitglied der Naturforschenden Gesellschaft in Zürich seit 1875. In: Vierteljahrsschrift der Naturforschenden Gesellschaft in Zürich. Bd. 69 (1924), S. 128–171.