1779 debütierte er am Teatro San Carlo mit der OperMontezuma, der in den nächsten Jahren eine große Zahl unter steigendem Beifall aufgeführter Opern folgten.
1792 wurde er zum Kapellmeister des Mailänder Doms ernannt, eine Stellung, die er 1804 mit der eines päpstlichen Kapellmeisters zu Rom vertauschte. Hier geriet er 1811 wegen seiner Anhänglichkeit an den Papst in Konflikt mit dem napoleonischen Regime, was ihn veranlasste, 1812 nach Neapel zurückzukehren, wo er als Direktor der königlichen Musikschule San Sebastiano und nach Giovanni Paisiellos Tod auch als Kapellmeister der Domkirche bis zu seinem Tod eine überaus fruchtbare Komponisten- und Lehrtätigkeit entfaltete. Zu seinen Schülern gehörte die königlich-sächsische Kammersängerin Friedrike Funk. 1823 wurde Zingarelli als auswärtiges Mitglied in die Académie des Beaux-Arts aufgenommen.
Seine Opern, darunter besonders Giulietta e Romeo, erregten bis zum Auftreten Rossinis das Entzücken von ganz Europa, und seine besonders während der letzten Lebensjahre entstandenen Kirchenkompositionen stehen an Gediegenheit unter denjenigen seiner Zeitgenossen obenan. Zu seinen hervorragendsten Schülern gehören die drei bedeutendsten italienischen Opernkomponisten der Ära zwischen Rossini und Verdi: Vincenzo Bellini, Gaetano Donizetti und Saverio Mercadante.