Die naturräumliche Gliederung der Alpen basiert auf der Einteilung von Landschaften nach Naturräumen, die ab den 1950er Jahren von der Bundesanstalt für Landeskunde in den Arbeiten zum Handbuch der naturräumlichen Gliederung Deutschlands vorgenommen wurde. Die Alpen als naturräumliche Großregion 1. Ordnung wurden, für Deutschland und die unmittelbare Nachbarschaft, in die zwei Großregionen 2. (und gleichzeitig 3.) Ordnung 01 Nördliche Kalkhochalpen und 02 Schwäbisch-Bayerische Voralpen aufgeteilt und diese wiederum in mehrere sogenannte Haupteinheiten (Regionen 4. Ordnung). Diese Gliederung folgt weitgehend der Einteilung in Gebirgsgruppen, und jede Haupteinheit − mit Ausnahme des Kufsteiner und des Oberstdorfer Beckens – enthält sowohl Bergketten als auch die dazwischen liegenden Talböden.
Erst sehr spät (1978–1994) fand eine Verfeinerung 1:200.000 durch Klaus Hormann und Hansjörg Dongus statt, die jedoch, was die Alpen anbetrifft, erheblich in ihrer Systematik abwich (siehe #Naturräumliche Feingliederung nach Hormann und Dongus). Sie reichte bis weit in die Nachbarländer hinein, erfasste indes dennoch natürlich nur einen Bruchteil des Gebirges. In den eigentlichen Alpenländern wird hingegen nicht nach Naturräumen systematisiert.
Der deutsche Anteil an den Alpen wurde vom Bayerischen Landesamt für Umwelt (LfU) in den 2000er Jahren im System des Handbuchs in kompatibler Weise verfeinert, jedoch mit einer geringeren Detailtiefe als bei Hormann und Dongus.
Zwar liegen alle deutschen Anteile an den Alpen in Bayern, jedoch sind sie nicht deckungsgleich mit den Bayerischen Alpen, welche einer anderen länderübergreifenden Gliederung folgen und insbesondere die Berchtesgadener Alpen nicht enthalten. Die Bayerischen Alpen fallen indes weitgehend mit den Schwäbisch-Bayerischen Voralpen zusammen, schließen allerdings die Haupteinheiten 010, 011, 012 und 015 der Nördlichen Kalkhochalpen zusätzlich ein.
Das LfU zählt, wie auch das Handbuch der naturräumlichen Gliederung Deutschlands und abweichend von Dongus, den Pfänder zu den Alpen. Anders als das Handbuch und auch Hormann rechnet es jedoch den Högl und das Reichenhaller Becken nicht hinzu.
010-02 „Piesenkopf“ (am Piesenkopf 1630 m, am Besler 1679 m) [≈ 940.01 Berge um den Feuerstätter Kopf, Südostteil + Nordteil von 950.1 Schrattenkalkgewölbe zwischen Bolgenach und Hörnlesbach][2]
010-03 Schelpen (1552 m) [≈ 940.01, Nordostteil][2]
Naturräumliche Feingliederung nach Hormann und Dongus
Die vier Einzelblätter mit Alpenanteil sind erst vergleichsweise spät erschienen. Klaus Hormann schlug im 1978 erschienenen Blatt Salzburg vor, die bisherige Aufspaltung in die Gruppen 01 und 02 aufzugeben und die Ziffern ab 90, die auf dem Festland noch nicht vergeben waren, für eine vom Handbuch deutlich abweichende Gliederung zu verwenden. Diesem Vorschlag folgte auch Hansjörg Dongus, der in den Jahren 1991 bis 1994 die anderen Alpenblätter (Tegernsee, Kaufbeuren/Mittenwald, Lindau/Oberstdorf) als welche der allerletzten Blätter bearbeitete. Die resultierende Gliederung der Alpen weicht in ihrer Struktur deutlich von den anderen Gliederungen ab, da insbesondere die einzelnen Einheiten nicht mehr einfach zusammenhängend sind.
Nagelfluh-Vorberge wie der Pfänder werden, abweichend vom Handbuch, von Dongus nicht den Alpen, sondern dem Alpenvorland zugerechnet. Sie werden, gemeinsam mit der Adelegg und dem Rottachberg, in die neue Gruppe 02 Nagelfluhhöhen und Senken (zwischen Bodensee und Wertach bzw. im Alpenvorland[17]) eingegliedert. Auch die ganz in der Schweiz liegenden und von Süden an den Bodensee stoßenden Molassekämme von St. Gallen-Appenzell werden, ohne Nummernvergabe, in Abweichung vom Handbuch, dieser Gruppe (02) zugerechnet.[2][4][18][19]
Aufteilung in neue Haupteinheiten
Wie folgt gliedern Hormann und Dongus das von ihnen untersuchte Gebiet der Alpen in Haupteinheiten:[2][4][18][19]
↑Nach LfU heißt diese Untereinheit, genau wie die übergeordnete Haupteinheit, 020 Vorderer Bregenzer Wald. Um Verwirrungen vorzubeugen, wurde die „.00“ angehängt.
↑In der Betitelung von LfU wurde die Saalachaue mit dem Bad Reichenhaller Becken beschriftet! – was indes dem Großteil von 039-B entspricht.
↑Ursprünglicher Name auf Blatt Lindau/Oberstdorf (1991) war Nagelfluhhöhen und Senken zwischen Bodensee und Isar; indes stellte sich im östlich benachbarten Blatt Kaufbeuren/Mittenwald (1993) heraus, dass diese Einheit nur bis zur Wertach reicht. Dessen ungeachtet gibt es im Schweizer Voralpengebiet eine völlig analoge Region (s. o.), die Dongus ebenfalls in 02 (neu) ansiedelt, weshalb die Beschränkung auf den Raum zwischen Bodensee und Wertach entfällt!
↑Nur sehr kleine Teile des Lechquellengebirges liegen auf Blatt Lindau, nämlich der Norden der Zitterklapfen-Gruppe; deren Hauptgrat wurde dort der Widderstein-Gruppe zugerechnet, von deren Namensgeber er allerdings orographisch deutlich getrennt ist. Nicht zum naturräumlichen Lechquellengebirge zu rechnen wären in jedem Falle das Zafernhorn östlich des Glatthorns und die Flyschhänge nördlich des Zitterklapfengrats und nordöstlich des Zafernhorns.
↑ abBlatt Salzburg reicht nur bis 937.1 Osterhorngruppe, daher hat Homann die Benennung der Haupteinheit späteren Bearbeitern in Österreich anheimgestellt.