Das Ministerium gliedert sich in 12 Regionaldirektorate, die unter anderem die Aufsicht über die staatlichen Krankenhäuser, Kliniken und Gesundheitszentren führen. Zu den Regionaldirektoraten kommen die nachstehenden Direktorate mit Zentralsitz in Windhoek hinzu:
Primary Health Care Services (Erstversorgung)
Social Welfare Services (Sozialwohlfahrt)
Special Programs (Spezialprogramme)
Tertiary Health Care & Clinical Support Services (Tertiärversorgung & Unterstützungsdienste)
Finance and Logistics (Finanzen und Logistik)
HRM & General Services (Arbeitskräftebetreuung & Allgemeine Dienste)
Policy, Planning and HRD (Vorschriften, Planung und Arbeitskräfteentwicklung)
Atomic Energy & Radiation Protection Regulator (Nuklear- und Radiologische Sicherheitsvorschriften)