Im Februar 2007 wurde Merle in einer Stichwahl mit 64,0 Prozent der Stimmen für eine sechsjährige Amtszeit zum Bürgermeister von Butzbach gewählt. Merle, der bis zu seiner Wahl ehrenamtlicher Erster Stadtrat gewesen war, hatte bereits seit fast vier Monaten die Amtsgeschäfte geleitet, da der bisherige Bürgermeister Oswin Veith (CDU) im August 2006 zum Ersten Kreisbeigeordneten des Wetteraukreises gewählt worden[1] und deshalb zurückgetreten war. Es folgten zwei Wiederwahlen im ersten Wahlgang; im September 2012 erhielt Merle 62,4 Prozent und im Oktober 2018 54,4 Prozent der Stimmen.[2][3]
Innerhalb der SPD Butzbach war Merle bis 2007 Vorsitzender.[4]