Von 1995 bis 2001 war er Direktor der Kunstsammlungen der Veste Coburg, anschließend bis 2008 Direktor der Museumslandschaft Hessen Kassel (vormals Staatliche Museen Kassel),[2] die unter seiner Leitung neu strukturiert und umfangreich erweitert wurden.[3]
Der Stiftungsrat der Stiftung Preußischer Kulturbesitz berief Michael Eissenhauer im Dezember 2007 als Nachfolger von Peter-Klaus Schuster zum Generaldirektor der Staatlichen Museen zu Berlin. Er wurde am 31. Oktober 2008 in dieses Amt eingeführt, das er bis zu seinem Eintritt in den Ruhestand Ende September 2022 ausübte.[3][6][7] Vom 1. August 2016 bis zum 21. Januar 2021 übernahm er zusätzlich das Amt des Direktors der Gemäldegalerie sowie der Skulpturensammlung und des Museums für Byzantinische Kunst der Staatlichen Museen zu Berlin.[8][9] In seiner Amtszeit als Generaldirektor wird er einerseits als „Kulturmanager“ wahrgenommen[10] andererseits bräuchten die Staatlichen Museen zu Berlin aber „einen Gestalter, keinen Verwalter“.[11]
Die Hamburger Wohnstiftungen des 19. Jahrhunderts: „Ein Denkmal, welches theilnehmende Liebe gestiftet hat …“ (= Arbeitshefte zur Denkmalpflege in Hamburg. Nr.9). Christians, Hamburg 1987, ISBN 3-7672-1010-X (Dissertation).
Das Humboldt-Forum im Schloss: Konzept und Ansatz. In: Museumskunde. Kulturelles Erbe und Transformation – Fünf Perspektiven. Band75, Nr.2, 2010, ISSN0027-4178, S.20–24.
Michael Eissenhauer (Hrsg.): Museumsinsel Berlin. Hirmer, München 2012, ISBN 978-3-7774-4901-2.
Michael Eissenhauer: Schutzstatus für wertvolles Kulturgut. In: Olaf Zimmermann und Theo Geißler (Hrsg.): Altes Zeug. Beiträge zur Diskussion zum nachhaltigen Kulturgutschutz. Berlin 2016, ISBN 978-3-934868-38-0, S.151–153.
Michael Eissenhauer (Hrsg.): Gemäldegalerie. 200 Meisterwerke der Europäischen Malerei. Seemann, Leipzig 2019, ISBN 978-3-86502-413-8.