Nachdem er schon 1996 Beiträge in den Zeitschriften Titanic und Agonie veröffentlicht hatte,[3] debütierte er im Jahr 2001 als Schriftsteller mit dem Erzählband Henry Silber geht zu Ende. Seither hat er unter anderem die Romane Plüsch, Achter Achter, Der Neuling und Landungen, aber auch Sachbücher wie die Gebrauchsanweisung für Katalonien verfasst.
Ebmeyer ist Mitglied der literarisch-musikalischen Gruppe „Fön“, zusammen mit den Autoren Tilman Rammstedt und Florian Werner und dem Musiker Bruno Franceschini. Von 2005 bis 2008 schrieb Ebmeyer Kolumnen für das Magazin Neon. Sein Roman Der Neuling ist die Vorlage für die Filmkomödie Ausgerechnet Sibirien, zu der Ebmeyer gemeinsam mit Minu Barati das Drehbuch verfasste.
Seit 2015 veröffentlicht Michael Ebmeyer in unregelmäßigen Abständen kürzere Essays bei Freitext auf Zeit Online.[6] Seine Themenschwerpunkte dabei sind das Lachen, die Propagandastrategien der Neuen Rechten, der Zustand der deutschen Linken, die katalanische Unabhängigkeitsbewegung sowie aktuelle politische Entwicklungen in Lateinamerika, vor allem in Bolivien. Als Moderator und Dolmetscher gestaltete er zweisprachige Lesungen und Diskussionsveranstaltungen unter anderem mit Jordi Puntí, Pep Guardiola und Lluís Llach. Für diverse Verlage, Medien und Museen übersetzt Ebmeyer aus dem Englischen, Spanischen und Katalanischen.
mit Heiko Maas: Aufstehen statt wegducken. Eine Strategie gegen Rechts. Piper, München 2017, ISBN 978-3-492-05841-4.
mit Stephan A. Jansen: Die Befreiung der Bildung. Nicolai, Berlin 2018, ISBN 978-3-96476-001-2.
Als Übersetzer
J. H. Fraser, M. Vishniac-Kohn, A. Pomerance (Hrsg.): Roman Vishniacs Berlin. Aus dem Englischen von Michael Ebmeyer. Nicolai, Berlin 2005, ISBN 3-89479-256-6.
Jordi Puntí: Die irren Fahrten des Gabriel Delacruz. Roman. Aus dem Katalanischen von Michael Ebmeyer. Kiepenheuer & Witsch, Köln 2013, ISBN 978-3-462-04523-9.
Néstor Mendoza: Sprengkopf. Gedichte. Aus dem venezolanischen Spanisch von Michael Ebmeyer. hochroth, Heidelberg 2020, ISBN 978-3-903182-52-3.
Jordi Puntí: Messi. Eine Stilkunde. Aus dem Katalanischen von Michael Ebmeyer. Kunstmann, München 2020, ISBN 978-3-95614-361-8.
Rery Maldonado Galarza: Chaosforschung. Gedichte. Aus dem bolivianischen Spanisch von Michael Ebmeyer. hochroth, Heidelberg 2020, ISBN 978-3-903182-66-0.
Najat El Hachmi: Eine fremde Tochter. Roman. Aus dem Katalanischen von Michael Ebmeyer. Orlanda, Berlin 2020, ISBN 978-3-944666-65-5.
Jesús Ortega: Der Nagel an der Wand. Kurzgeschichten. Aus dem Spanischen von Michael Ebmeyer. hochroth, Heidelberg 2021, ISBN 978-3-903182-71-4.
Humberto Quino: Jemand anders sein und es nicht wissen / Como ser otro y no saberlo. Gedichte. Aus dem bolivianischen Spanisch von Michael Ebmeyer. hochroth, Heidelberg 2021, ISBN 978-3-903182-88-2.
Najat El Hachmi: Am Montag werden sie uns lieben. Roman. Aus dem Katalanischen von Michael Ebmeyer. Orlanda, Berlin 2022, ISBN 978-3-949545-00-9
Juan Carlos Friebe: Antagonie: Naturgeschichte eines Herzens. Gedichte. Aus dem Spanischen von Michael Ebmeyer. hochroth, Heidelberg 2022. ISBN 978-3-949850-05-9
Najat El Hachmi: Wir wollen die ganze Freiheit! Über Feminismus und Identität. Aus dem Katalanischen von Michael Ebmeyer. Orlanda, Berlin 2023. ISBN 978-3-949545-34-4
Mitarbeit an
Annalena Baerbock: Jetzt. Wie wir unser Land erneuern. Ullstein, Berlin 2021, ISBN 978-3-550-20190-5.