Matej Gnezda begann seine Karriere 2005 bei dem slowenischen Continental TeamRadenska Rog. In seinem zweiten Jahr dort wurde er Etappendritter beim Giro del Friuli, und er belegte den dritten Rang bei der slowenischen Zeitfahrmeisterschaft. 2007 gewann er das Eintagesrennen Beograd-Banja Luka I. Beim Straßenrennen der slowenischen Meisterschaft wurde er Dritter. 2010 wurde er kroatischer Vizemeister im Straßenrennen; 2012 beendete er seine Laufbahn.