Sie heiratete am 16. April 1882 in Altenburg den nachmaligen Fürsten Georg zu Schaumburg-Lippe (1846–1911). Nach der Vermählung residierte das Paar im neu ausgestatteten Schloss in Stadthagen[1] und 1893 folgte Georg seinem Vater Adolf I. in der Regierung. Die Fürstin unterstützte Kirchen und Schulen; sie ist die Gründerin des Marie Anna Stifts in Stadthagen.[2]
An der Burg Schaumburg in Rinteln befindet sich am äußeren Tor ein großes Allianzwappen des Fürsten und der Fürstin aus dem Jahr 1908.[3] Marie Anna starb im Mai 1918, angeblich durch eine Infektion mit Leichengift vom Sarg ihres 1911 verstorbenen Mannes.[4] Sie wurde im Mausoleum Bückeburg bestattet.