Die Namensgebung beruht auf drei Frauen aus dem neuen Testament der Bibel mit dem Namen Maria, nämlich Maria, die Mutter Jesu, Maria Magdalena und Maria Kleophae.
Nach ihrer Entdeckung im Jahre 1532 durch Diego Hurtado de Mendoza, einen Cousin von Hernán Cortés, dienten die Inseln jahrhundertelang als Unterschlupf für Piraten. Im 19. Jahrhundert wurde auf María Madre eine Siedlung errichtet, von der aus Forstwirtschaft und die Ausbeutung der Salzminen betrieben wurde. Seit 1905 besteht auf dieser Insel eine Strafkolonie. Im Gegensatz dazu sind die anderen Inseln unbewohnt, große Teile sind heute ein Natur- und Biosphärenreservat.
1905 verfügte Porfirio Díaz, dass diese Inseln durch einen Zusatz zum Strafgesetzbuch zu einer Strafkolonie werden sollten, wobei er die Strafe der Deportation als rechtliche Grundlage für deren Betrieb festlegte. Die Idee einer Strafkolonie auf den Islas Marías war nicht neu, da sie bereits von früheren Regierungen wie der von Benito Juárez und Maximilian von Habsburg erwogen worden war. Aber erst unter Porfirio Díaz wurde der Vorschlag im Rahmen seiner Bemühungen um eine Gefängnisreform, die soziale Kontrolle, verfügbare Arbeitskräfte und den Schutz ausländischer Investitionen gewährleisten sollte, verwirklicht.
Die Gründung der Strafkolonie erfolgte mit dem Kauf des Archipels durch die Regierung im Jahr 1902. Im Jahr 1905 wurden die Islas Marías offiziell zur Strafkolonie erklärt und die Deportation als Strafe eingeführt. Mit der Ergänzung des Strafgesetzbuches im Jahr 1908 wurden die Aspekte dieser Strafe detailliert beschrieben und zwei Zeiträume und Bedingungen für ihre Anwendung festgelegt. Der Direktor der Strafkolonie, Arturo G. Cubillas, spielte eine entscheidende Rolle bei der Anpassung und Anwendung der Strafe des Abstiegs. Es wurde eine Verwaltungsstruktur geschaffen, die aus der allgemeinen Leitung, der stellvertretenden Leitung, der Verwaltung, den allgemeinen Diensten und der Sicherheit bestand. Außerdem wurden zwei Lager eingerichtet, Balleto und Salinas, in denen verschiedene Aktivitäten durchgeführt wurden.
Der Strafvollzug in Islas Marías zeichnete sich durch eine Disziplin aus, die darauf abzielte, das Verhalten der Gefangenen zu normalisieren. Für diejenigen, die sich gut verhielten, gab es Maßnahmen wie die vorzeitige Entlassung und die Erlaubnis, in der Kolonie zu wohnen. Die rechtliche Rechtfertigung der Deportation basierte auf einem progressiven Ansatz, der dem spanischen Strafvollzug ähnelte.
Die Strafkolonie Islas Marías war bis 2010 in Betrieb und eine der letzten Inselstrafkolonien Lateinamerikas.