Dieser Artikel handelt von der letzten spanischen Vizekönigin von Portugal. Zu weiteren Personen ähnlichen Namens siehe Margarete von Savoyen.
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Am 19. Februar 1608 heiratete Prinzessin Margarete in Turin den italienischen Herzog Francesco IV. Gonzaga (1586–1612), ältester Sohn von Herzog Vincenzo I. Gonzaga und der Prinzessin Eleonora de’ Medici. Zur Feier dieser Vermählung schrieb der Komponist Claudio Monteverdi die Oper L’Arianna. Aus der gemeinsamen Verbindung gingen drei Kinder hervor:
Maria Gonzaga (1609–1660), die Erbin der Herzogtümer Mantua und Montferrat
Als 1621 Philipp IV. (1605–1665) auf den spanischen und portugiesischen Thron folgte, spitzte sich die Lage weiter zu. Der König ernannte die Witwe des Herzoges von Mantua, Prinzessin Margarete, zur Vizekönigin in Portugal. Diese regierte dort mit Hilfe ihres portugiesischen Staatssekretärs Miguel von Vasconcelos.