1978 gründete Altena seine eigene Gruppe zunächst als Quartett, die in den 1980er Jahren personell erweitert wurde und als Maarten Altena Ensemble (heute: MAE) firmierte und sich bei ihren Aufführungen zunehmend vom Jazz entfernte und komplexere Werke mit Improvisationsanteilen aufführte. Er konzentrierte sich zunehmend aufs Komponieren, regte aber auch an, dass andere Komponisten für die Gruppe schrieben. 1997 hörte er auf, in seinem eigenen Ensemble mitzuspielen und wirkte dort nur noch als „musikalischer Choreograph“. Seit 2005 schreibt er vorrangig für andere Gruppen.
Werke
Neben zahlreichen Kompositionen für das Maarten Altena Ensemble entstanden nach 1985 auch Werke für andere Ensembles und Musiker wie:
First Floor (1989) für das Nederlands Blazers Ensemble
Speaking (1990) für die Nieuwe Slagwerkgroep Amsterdam