Durch die Lage Münchens auf der Münchner Schotterebene, die von Süden nach Norden innerhalb des Stadtgebiets um etwa 100 m abfällt, ist die natürliche Fließrichtung der Fließgewässer in München von Süd nach Nord vorgegeben. Zwei größere Fließgewässer durchfließen das Stadtgebiet, die Isar und die Würm. Dazu kommt der kleinere Hachinger Bach, der streckenweise unterirdisch verläuft, mit seiner Fortsetzung im Hüllgraben und im Abfanggraben. Kleinere Bäche gibt es vor allem im Nordwesten Münchens. Einige davon gehören zum Flusssystem der Würm, andere bereits zum Flusssystem der Amper, die westlich an München vorbeifließt. Letztendlich gelangt aber alles Wasser aus München in die Isar und fließt über die Donau ins Schwarze Meer.
Entwässerungsgraben im Johanneskirchener Moos, 1920–1929 zeitgleich mit dem Mittlere-Isar-Kanal gebaut, am Grabenkopf durch den Hüllgraben gespeist, mündet in einen Nebenkanal des Mittlere-Isar-Kanals am Ismaninger Speichersee
ursprünglich Fortsetzung des Brunnthaler Quellbachs, Oberlauf Anfang des 20. Jahrhunderts zugeschüttet, verläuft größtenteils parallel zum Mittlere-Isar-Kanal, wird unter diesem hinweg in die Isar geleitet.
auch Gleißenbach genannt, entspricht dem ehemaligen Oberlauf des historischen Gleißenbachs, der heute nur noch ein kurzer Nebenbach des Seebachs in Ismaning ist, wird heute entlang den Fischteichen nach Osten geführt, unterquert den Mittlere-Isar-Kanal und speist den Seebach
Abfluss des im Feldmochinger See gesammelten Grundwassers, unterquert den Würmkanal und nimmt einen Teil seines Wassers auf, der erste Abschnitt zwischen Feldmochinger See und Würmkanal wird auch als Würmhölzlgraben bezeichnet
wird an der südlichen Stadtgrenze Münchens aus der Würm ausgeleitet, fließt parallel zu ihr durch den Pasinger Stadtpark und kurz vor dem Klinikum München Pasing in sie zurück
Die Münchner Stadtbäche sind ein System von Fließgewässern, deren Wasser aus der Isar abgeleitet ist, die in Isarnähe im Wesentlichen parallel zur Isar verlaufen und die schließlich wieder in sie zurückfließen. Vom Mittelalter bis ins Industriezeitalter dienten sie zum Betreiben der Mühlen und Brunnhäuser in München, zur Brauch- und Löschwasserversorgung und zur Abfallbeseitigung. Sie lieferten auch das Wasser für die künstlichen Bäche im Englischen Garten, die weiter durch die Obere Isarau fließen. Von dem ursprünglich dichten Netz der Stadtbäche sind die meisten heute trockengelegt und das Kanalbett verfüllt. Die noch Wasser führenden Münchner Stadtbäche sind im Folgenden aufgeführt.
wird vom Isar-Werkkanal aus durch einen Düker unter der Isar durchgeführt und kommt beim Tierpark (Ort) ans Tageslicht, mündete ursprünglich gegenüber der Praterinsel (Ort) in die Isar, beim Bau des Maximilianswerks verlängert.
ursprünglich südlich des Flauchers aus der Isar abgeleitet, seit 1921/23 Fortsetzung des Isar-Werkkanals ab dem Isarwerk 2. Ein Großteil des Wassers fließt am Isarwerk 3 zurück in die Isar (Ende des Isar-Werkkanals). Der Große Stadtbach teilte sich ursprünglich etwa an der Ehrengutstraße in Westermühlbach und Pesenbach und fließt seit der Auflassung des Pesenbachs ungeteilt in den Westermühlbach weiter.
Das Nordmünchner Kanalsystem ist ein Kanalsystem zur Versorgung der Wassergräben und Seen in den Parkanlagen der Schlösser Nymphenburg und Schleißheim. Es erstreckt sich an verschiedenen Stellen zwischen der Würm und der Isar und sorgt damit auch für einen Wassertransport zwischen diesen beiden Flüssen. Bis auf den Dachau-Schleißheimer Kanal führen alle Kanäle dieses Kanalsystems zumindest teilweise über das Münchner Stadtgebiet. Der früher ebenfalls zu diesem System gehörende Türkengraben, der 1702 begonnen wurde und die Münchner Residenz mit Schloss Schleißheim verbinden sollte, wurde nur bis zur Georgenschwaige am Nymphenburg-Biedersteiner Kanal fertiggestellt und bereits 1811 wieder zugeschüttet.
Fortsetzung des Schleißheimer Kanals und als solche oft auch einfach Schleißheimer Kanal genannt. Ursprünglich auch Abzweigung von Würm (bis Schließheim 6,8 km, Ort) und Amper (bis Schließheim 9,2 km, Ort), also Zufluss von beiden Seiten und Wasserabgabe ins Moor. Wasserführende Teilstücke des alten Kanalbetts sind noch vorhanden zwischen Würm und Saubach und zwischen Gröbenbach und Pollnbach.
Teilstück des Nymphenburger Kanals, teilt sich im Schlosspark in mehrere Kanäle und künstliche Bäche auf und speist die Seen des Schlossparks, fließt vor dem Schloss wieder zusammen zum Schlosskanal
Größere Seen gibt es in München nicht. Der Starnberger See liegt etwa 20 km südlich der Stadtgrenze, und der künstlich angelegte Ismaninger Speichersee liegt knapp 5 km von der Nordostecke Münchens entfernt. Durch die schräge Lage auf der Schotterebene und den wasserdurchlässigen Untergrund kam es auch nicht zur Bildung kleinerer natürlicher Seen im Stadtgebiet. Es gibt jedoch künstlich angelegte Seen, Teiche und Weiher, von denen einige von einem Bach oder Kanal durchflossen werden und andere durch Grundwasser gespeist werden.
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