Windtner maturierte an der Bundeshandelsakademie in Linz und absolvierte anschließend ein Welthandel-Studium an der Wiener Wirtschaftsuniversität, welches er 1977 mit der Promotion abschloss. 1978 begann er bei der Oberösterreichischen Kraftwerke AG (OKA), der heutigen Energie AG Oberösterreich; 1985 wurde er zum Abteilungsleiter ernannt und 1994 zum Vorstandsvorsitzenden und Generaldirektor bestellt. Sein Vertrag wurde im Juni 2009 um weitere fünf Jahre bis 31. Oktober 2014 verlängert[2]. Anfang März 2017 übergab er schließlich den Posten des Generaldirektors seinem Nachfolger Werner Steinecker.
Von 1989 bis 1996 war Windtner Präsident der Sportunion Oberösterreich, anschließend bis 2009 Präsident des Oberösterreichischen Fußballverbandes. Ab 1999 war Windtner Vizepräsident des ÖFB und nach dem Rücktritt von Friedrich Stickler am 7. November 2008 wurde Windtner mit einer Mehrheit bei der Abstimmung gegen Günter Kaltenbrunner im Februar 2009 zum ÖFB-Präsident gewählt.[3] Nach über zwölf Jahren Amtszeit gab er im August 2021 bekannt, für die Präsidentenwahl am 17. Oktober 2021 nicht mehr anzutreten.[4]
Politisch engagierte sich Windtner in der Gemeinde St. Florian und war deren Vizebürgermeister von 1979 bis 1985, sowie Bürgermeister von 1985 bis 1995.