Die Inseln liegen zwischen Naxos im Nordwesten und Amorgos im Südosten. Pano Koufonisi ist die einzige bewohnte Insel der Gruppe und liegt etwa 5 km südöstlich von Naxos und 20 km nordwestlich von Amorgos. Die kleinere Insel Kato Koufonisi liegt südwestlich und wird durch die 400 m schmale und maximal 8 m tiefe Meerenge von Koufonisi (Στενό Κουφονησιού) von Pano Koufonisi getrennt. Keros, die größte Insel des Gemeindebezirks, liegt weniger als 4 km südöstlich, Schinoussa 8 km südwestlich und Donousa 23 km nordöstlich.
Die Inseln sind Teil des Natura 2000 Gebiets GR4220013 Mikres Kyklades: Irakleia, Schinoussa, Koufonisia, Keros, Antikeri kai thalassia zoni (Μικρές Κυκλάδες: από Κέρο μέχρι Ηράκλεια, Σχοινούσσα, Κουφονήσια, Κέρος, Αντικέρι και θαλάσσια ζώνη).
↑ abcdCharles Arnold (Hrsg.): Die Inseln des Mittelmeers. Ein einzigartiger und vollständiger Überblick. 2. Auflage. marebuchverlag, Hamburg 2008, ISBN 3-86648-096-2.