Die erste Konferenz fand am 7. Dezember 1978 unter hessischem Vorsitz statt. Ursprünglich war sie nur ein regelmäßig stattfindendes Treffen der staatlichen Datenschutzbeauftragten. Im Laufe der Jahre gewannen diese Treffen jedoch einen quasi-institutionellen Charakter, sodass man heute die Konferenz nicht mehr nur als Ereignis, sondern als eigenständige Institution anzusehen hat. Ihre Zusammensetzung, Aufgaben, Handlungsformen und ihre Arbeitsweise sind in einer Geschäftsordnung festgelegt. Die Konferenz tagt demnach regulär zweimal im Jahr. Seit einigen Jahren finden darüber hinaus bis zu vier Sonder- oder Zwischenkonferenzen statt.
Die Kooperation und Koordination der Datenschutzbeauftragten bildet ein nicht zu unterschätzendes Gegengewicht zu denen der Minister (etwa der Innenministerkonferenz). Wie diese ist auch die Datenschutzkonferenz in verschiedene Arbeitskreise untergliedert. So bereitete etwa der Arbeitskreis „Technische und organisatorische Datenschutzfragen“ (AK Technik) im Rahmen der Frage um die Einführung biometrischer Merkmale in Passdokumente Arbeitsmaterial für die Konferenz vor, indem er Anfang 2002 zunächst beim Fraunhofer-Institut für Graphische Datenverarbeitung (IGD) in Darmstadt tagte und dort die wissenschaftlichen Grundlagen erörterte; gegen Ende des Jahres tagte er dann bei der Bundesdruckerei in Berlin und diskutierte verschiedene Identifikationssysteme. Der Düsseldorfer Kreis, einst gemeinsames Gremium der obersten Aufsichtsbehörden, die in Deutschland die Einhaltung des Datenschutzes im nicht-öffentlichen Bereich überwachen, wurde aufgrund eines Beschlusses der 95. Datenschutzkonferenz im Jahre 2018 in einen Arbeitskreis der Konferenz mit dem Namen AK Wirtschaft (Düsseldorfer Kreis) umgewandelt, dessen Unterarbeitsgruppen zu eigenständigen Arbeitskreisen aufgewertet.
Die Konferenz fasst ihre Arbeitsergebnisse vor allem in Beschlüssen und Entschließungen zusammen. Die Entschließungen bedürfen einer 2/3-Mehrheit, alle anderen Entscheidungen trifft die Konferenz mit einfacher Mehrheit. Die gemeinsamen Positionen der Konferenz sind rechtlich nicht bindend. Sie haben jedoch auf Grund der fachlichen Kompetenz und der Autorität der Konferenzteilnehmer faktische Auswirkungen auf die Entwicklung des Datenschutzes.
Der Vorsitz wechselt – in der Regel in alphabetischer Reihenfolge der Länder und des Bundes – jährlich. Vorsitzende der Datenschutzkonferenz im Jahr 2024 war zunächst die Landesbeauftragte für Datenschutz und Informationsfreiheit Bremen, Imke Sommer. Nachdem diese durch Entlassung auf eigenen Antrag ihr Amt als Landesbeauftragte für Datenschutz und Informationsfreiheit niederlegte[1], übernahm die Landesbeauftragte für Datenschutz Schleswig-HolsteinMarit Hansen den Vorsitz kommissarisch. Ab dem 16. Mai 2024, also nach der 107. Datenschutzkonferenz, soll der Hessische Beauftragte für Datenschutz und Informationsfreiheit, Alexander Roßnagel, den Konferenzvorsitz übernehmen.[2]
Workshop der Aufsichtsbehörden (Vorsitz jährlich wechselnd)
Zertifizierung (Vorsitz ULD Schleswig-Holstein)
Konferenztermine und Tagungsorte
Seit ihrer ersten Zusammenkunft im Jahr 1978 ist die Konferenz bisher 100 mal zu ihren regulären Sitzungen zusammengetreten. Der Vorsitz wechselt jährlich.