Der Vorgängerbau der Pfarrkirche Kalksburg war eine Kapelle, die 1783 zur Lokalkaplanei erhoben wurde und damit nicht länger von der Pfarrkirche Atzgersdorf betreut wurde. 1793 wurde das alte Gebäude abgerissen und bis 1801 ein klassizistischer Neubau nach Plänen des Tiroler Architekten Johann Baptist Zobel errichtet. Seit 1805 besteht die eigenständige Pfarre Kalksburg.
Die bedeutende Orgel aus dem Jahr 1801 wurde vom Wiener Orgelbauer Anton Pfliegler erbaut. Abgesehen von kleinen Umbauten und Reparaturen ist die Orgel weitgehend im Originalzustand erhalten. Das Instrument hat 18 Register auf zwei Manualen und Pedal (mit kurzer Oktav) bei folgender Disposition: