Nach dem Verlust der Mehrheit für die Republikaner bei der Wahl zum Repräsentantenhaus 1862 behielten sie die Mehrheit durch eine, in den USA sehr seltene, Koalition mit den Unionisten aufrecht.
Während der vierjährigen Amtszeit gab es im Großteil der Ministerien personelle Umbesetzungen. Lediglich Außenminister William H. Seward und Marineminister Gideon Welles behielten ihre Posten; beide blieben auch bis zum Ende der Amtszeit von Lincolns Nachfolger Andrew Johnson im Jahr 1869 im Amt.