Maher war eines von zehn Kindern der Delia A. geborene O’Malley und Joseph Maher, einem Lehrer in Westport, County Mayo, im Irischen Freistaat. Er genoss eine Erziehung bei den Irish Christian Brothers und emigrierte 1956 nach Kanada. Vor seinem Beginn als Schauspieler arbeitete er für eine Ölfirma. In New York gab er sein Bühnendebüt in Brendan BehansThe Hostage.[1] Das deutschsprachige Publikum kennt Maher wahrscheinlich am besten durch seine Film- und Fernsehrollen. 1958 übernahm Maher seine erste Rolle im US-Fernsehen, ab Mitte der 1970er-Jahre intensivierte er seine Auftritte vor der Kamera. In der Komödie Sister Act – Eine himmlische Karriere spielte er 1992 den Geistlichen O’Hara.
Joseph Maher starb am 17. Juli 1998 im Alter von 64 Jahren an einem Hirntumor.[2]