Josef Knubel war ein Sohn des Bergführers Peter Knubel (1832–1919) aus St. Niklaus im Schweizer Kanton Wallis, der als erster Führer zusammen mit Josef Marie Lochmatter das Matterhorn nach dem Unfall der Erstbesteiger von der Schweizer Seite her über den Hörnligrat bestieg. Am 21. Juli 1896 nahm er Sohn Josef als Fünfzehnjährigen als Träger mit auf den Gipfel. Josef Knubel gehörte u. a. mit Alexander Burgener und Franz Lochmatter zur zweiten Generation der Schweizer Bergführer der Pionierzeit. In einem Nachruf in der Zeitschrift Die Alpen des Schweizer Alpen-Clubs wird er als «der letzte der alten Bergführergarde des Mattertales» bezeichnet.
Zu Knubels Gästen zählten unter andern die britischen Alpinisten Geoffrey Winthrop Young und Arnold Lunn und die Schweizer Alfred Zürcher und Hans Lauper. Seine Fähigkeiten in Eis und Fels waren legendär, davon zeugt unter anderem der Knubelriss im Schwierigkeitsgrad 5+ in der Ostwand der Aiguille du Grépon im Montblancgebiet.
Im Bergführermuseum in St. Niklaus Dorf finden sich u. a. das Skiführer-Diplom von Josef Knubel vom 14. Dezember 1925 und ein Separatdruck aus Berge der Welt 1958 / 1959 mit der handschriftlichen Widmung von Alfred Zürcher an Josef Knubel hinsichtlich der Erstbesteigung der Eiger-Nordwand.
Christian Imboden: Berge: Beruf, Berufung, Schicksal. Rotten Verlag, Visp 2013, ISBN 3-907624-48-3. Seiten 100 ff.: Josef Knubel (1881-1961), Seiten 136 ff.: Die Erstbegehungen
Emil Zopfi: Der kleine Josef war ein ganz Grosser. In: Daniel Anker, Caroline Fink, Marco Volken: Dom & Täschhorn. Krone der Mischabel. AS Verlag, Zürich 2012.
Marco Volken: Die ersten Bergführer. In: Daniel Anker, Marco Volken: Weisshorn. Diamant des Wallis.AS Verlag, Zürich 2011.
Dominique Roulin: Josef Knubel. In: Die Alpen, Zeitschrift des Schweizer Alpen-Clubs, 8/1997.