Andriškevičius trat 1992 formal zu den litauischen Streitkräften über. Noch im selben Jahr übernahm er die Leitung der litauischen Militärakademie. Ein Jahr später wurde er zum Generalmajor befördert.
Vom 20. Oktober 1993 bis zum Juni 1999 war er Oberbefehlshaber der Streitkräfte. Während dieser Verwendung besuchte er von 1997 bis 1998 eine Weiterbildung am NATO Defence College in Rom. Seit dem 1. Juli 1999 ist er im Ruhestand.