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1895 wurde er im Reichsmarineamt in Berlin als Nachfolger von Brix zum Dezernenten für Schiffbauangelegenheiten ernannt und übernahm dabei auch die Funktion des verstorbenen Chefkonstrukteurs Alfred Dietrich. Er war verantwortlich für die Entwürfe von Linien- und Panzerschiffen, Kleinen Kreuzern und Kanonenbooten. Technische Fragestellungen des Kriegsschiffbaus wurden in dieser Aufbauphase von ihm wissenschaftlich bearbeitet und gelöst.
Lehrtätigkeit
Neben seiner Werfttätigkeit lehrte er zwei Jahre an der Marineschule, von 1888 bis 1894 an der Kieler Marineakademie und von 1902 bis 1906 an der Technischen Hochschule Charlottenburg. Nach seinem Abschied von der Marine wurde er 1906 an die Technische Hochschule Charlottenburg berufen und lehrte hier bis 1913 im Fach „Entwerfen von Kriegsschiffen“. Seine Verdienste in der Marine und in der Lehre führten zur Verleihung der Ehrendoktorwürde. Er war Gründungsmitglied der Schiffbautechnischen Gesellschaft (STG) und galt auch aufgrund seiner Vorträge und Veröffentlichungen als Nestor des deutschen Schiffbaus.
Johannes Rudloff starb 1934 im Alter von 86 Jahren in Berlin und wurde auf dem Waldfriedhof Dahlem beigesetzt. Das Grab ist nicht erhalten.[1]