Bis 1819 hielt er sich in Italien auf, vorrangig in Vicenza, Mailand und Venedig, bevor er eine Tätigkeit an seinem späteren Wirkungsort München aufnahm. Er war Kapellmeister an der „Italienischen Oper“ bis zu deren Auflösung. 1823 wurde er als Vizekapellmeister an das Königliche Hof- und Nationaltheater berufen und wurde dort 1826 Hofkapellmeister. Nach einem Italienaufenthalt war er an der Allerheiligen-Hofkirche München tätig. Seit 1864 im Ruhestand, verstarb er 1867 er in München.
Aiblinger schuf vorrangig Kirchenmusik, wie Messen, Vespern, Litaneien, Pastoralen, aber auch Opern, Ballette und Chorwerke. So schuf er beispielsweise Chöre für Frauenstimmen.
Seine Werke sind sowohl der Klassik als auch der Romantik zuzuordnen. Viele seiner Kompositionen verbinden Elemente der Romantik mit denen der Kirchenmusik. Er gilt als einer der Vertreter der Restauration in der Kirchenmusik.
Die Grabstätte von Johann Kaspar Aiblinger befindet sich auf dem Alten Südlichen Friedhof in München (Gräberfeld 16, Reihe 2, Platz 3) Standort48.12755555555611.565666666667.
Werke (Auswahl)
Messen:
Messe in A-Dur für Sopran, Alt, Chor und Orgel
Missa Advocata nostra, auch: Harfenmesse, für 3-stimmigen Frauen(Knaben)-Chor, Soloharfe, Orgel, Violoncello und Kontrabass (Hrsgb. Msgr. Alois Kirchberger, Edition Brand, Ebersberg)
Missa a canto fermo im A, Friedrich Pustet, Regensburg, 1861 RISMID: 1001030486
August Scharnagl und Dietmar von Huebner: Aiblinger. In: Marienlexikon. Hrsg. im Auftrag des Institutum Marianum Regensburg e. V. von Remigius Bäumer und Leo Scheffczyk, 1. Band, St. Ottilien 1988, S. 62–63.