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Der See ist ca. 5,8 km lang, maximal 1,6 km breit und 5 km² groß. Er ist bis zu 25,9 m tief. Nördlich schließt sich der Jezioro Tałty (deutsch Talter Gewässer) an und südwestlich der Jezioro Bełdany (deutsch Beldahnsee). In südöstlicher Richtung ist der Nikolaiker See durch einen engen Kanal mit dem Śniardwy (deutsch Spirdingsee), dem größten See Polens, verbunden. Alle vier gehören zur Masurischen Seenplatte.
