Jean Salem war der jüngere Sohn des Journalisten und Kommunisten Henri Alleg (Salem) und seiner Frau Gilberte Serfaty.[2] Er wuchs bis 1965 in Algier auf, als sein Vater nach Frankreich emigrieren musste. Salem studierte zunächst Kunstgeschichte und Archäologie und machte sein erstes Lizentiat 1979 und 1981 eines in Geschichtswissenschaften. 1982 erhielt er ein Diplôme d’études approfondies für Politikwissenschaften und 1999 eines für Littérature et civilisation françaises. 1988 wurde er in Philosophie promoviert und 1994 habilitiert. Seit 2000 war er Professor an der Universität Paris.
Salem lehrte Philosophie an der Universität Sorbonne Paris I und war Direktor des „Centre d’Histoire des Systèmes de Pensée Moderne“. Seine Forschungsschwerpunkte waren die Philosophie der Atome und der Lustbegriff. Er initiierte ein Seminar über die Geschichte des Materialismus ausgehend von Demokrit.[3] Mit Isabelle Garo und Jean-Numa Ducange führte er 2012/2013 das Seminar Marx au XXIe siècle : l’esprit et la lettre[4] durch.
Salem erhielt 2001 den Prix Bouctot 2001 der Académie des sciences, belles-lettres et arts de Rouen.