Gaudry besuchte das Collège Stanislas in Paris. Als er 16 Jahre alt war, heiratete seine Schwester den Naturforscher Alcide Dessalines d’Orbigny, was ihm wichtige Kontakte verschaffte. 1852 promovierte er bei Charles Henry Dessalines d’Orbigny am Muséum national d’histoire naturelle in Paläontologie. 1853 wurde er vom Naturkundemuseum und Landwirtschaftsministerium auf Forschungsreise nach Zypern und nach Griechenland geschickt, wo er bis 1855 blieb und 1860 erneut in Pikermi ausgrub. Er untersuchte die reiche Fundstelle von fossilen Vertebrata von Pikermi (die schon 1839 von Andreas Wagner entdeckt worden war) und brachte eine bemerkenswerte Säugetier-Fauna ans Licht. Sie war von miozänem Alter und vermittelte mit ihren Formen zwischen den Gruppen der europäischen, asiatischen und afrikanischen Säugetierfaunen. Außerdem veröffentlichte er eine geologische Beschreibung der Insel Zypern (Mém. Soc. Géol. de France, 1862).
Er war zwar ein Vertreter einer Evolution im Sinn einer Entwicklung von fossilen zu rezenten Arten und begrüßte Darwins Origin of species, sah aber hinter der Evolution nicht natürliche Auslese, sondern das Walten eines Schöpfers, eine Ansicht, an der er bis zu seinem Tod festhielt.
↑Académicien décédé: Jean Albert Gaudry. Académie royale des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts de Belgique, abgerufen am 18. September 2023 (französisch).