Sein professioneller Filmweg begann in den Jahren 1976–81, als er bei dem polnischen Regionalsender TVP Wrocław eine Karriere vom Kameramanngehilfen zum Programmregisseur absolvierte. Nachträglich studierte er zwischen 1981 und 1985 an der Film- und Theaterhochschule in Łódź.
Er hat als Regisseur und Drehbuchautor über 20 Kurzfilme und zehn Spielfilme produziert. Seine Produktionen beschäftigen sich mit Themen wie Gebirge, Natur, Religion, Soziologie und Ökologie.
Jan Jakub Kolski gewann zwischen 1993 und 2003 fünf Preise beim Polnischen Filmfestival Gdynia. 1998 gewann er mit seinem Film Historia kina w Popielawach den Hauptpreis des Festivals und ein Jahr später den Polnischen Filmpreis. Mit Jańcio Wodnik gewann er den Hauptpreis und den Findlingspreis auf dem Filmfestival Cottbus, welches seinen Schwerpunkt auf osteuropäisches Kino setzt.