1995 erhielt Jörg Wrachtrup den Ernst-Reuter-Preis für seine Dissertation Magnetische Resonanz an einzelnen Molekülen und kohärente ODMR-Spektroskopie an molekularen Aggregaten in Festkörpern.
Anfang Januar 2011 wurde seine Arbeit an der Erforschung der Nutzung von atomaren Defekten in Diamanten für die Quantentechnologie mit einem ERC Advanced Investigator Grant des Europäischen Forschungsrates über 2,4 Mio. Euro ausgezeichnet.[5]
Im Dezember 2011 wurde ihm von der Deutschen Forschungsgemeinschaft der mit 2,5 Mio. Euro dotierte Gottfried-Wilhelm-Leibniz-Preis zuerkannt dafür, dass er ein völlig neuartiges und sehr erfolgreiches Forschungsgebiet an der Schnittstelle zwischen Festkörperphysik und Quantenoptik erschlossen habe.
2020 wurde ihm die Goldmedaille der Internationalen EPR-Gesellschaft verliehen.
Ebenfalls 2020 wurde Wrachtrup mit dem Europhysics Prize ausgezeichnet.
2014-dato Highly Cited Researcher.
2021 wurde ihm der Zavoisky Award verliehen
Veröffentlichungen
Dissertation 1994: Magnetische Resonanz an einzelnen Molekülen und kohärente ODMR-Spektroskopie an molekularen Aggregaten in Festkörpern, (Mikrofiche-Ausgabe)