Der IBU-Junior-Cup 2019/20 wurde zwischen dem 12. Dezember 2019 und dem 12. März 2020 ausgetragen. Es handelt sich um die fünfte Austragung der höchsten, von der IBU organisierten, Rennserie für Juniorinnen und Junioren im Biathlon. Aufgrund der COVID-19-Pandemie wurden die Biathlon-Junioren-Europameisterschaften nach den Sprintrennen vorzeitig beendet. Damit endete auch die Saison.[1]
Gesamtsieger des IBU-Juniorcups war bei den Damen Amy Baserga und bei den Herren Niklas Hartweg. Beide kommen aus der Schweiz. Frankreich entschied sowohl beide Nationenwertungen als auch die Staffelwertung für sich.