Müller studierte in Nürnberg und Erlangen Philosophie und Soziologie bei Manfred Riedel und Joachim Matthes. 1982 promovierte er an der Universität Erlangen bei Gotthard Jasper zum Dr. phil. mit der Doktorarbeit „Praxis und Intersubjektivität. Geistesgeschichtliche Untersuchungen in konstitutionstheoretischer Perspektive“. Danach wechselte er beruflich in den IT-Bereich. Von 1984 bis 2010 entwickelte und betreute er das kommunale Datenbank-Informationssystem des Stadtwegweiser Sozial-Atlas der Stadt Nürnberg. Nebenbei wirkte er als Philosoph in Weiterführung seines Promotionsthemas von 1985 bis 1996 maßgeblich mit in der Ernst-Bloch-Assoziation.
Seine „Initiative für Praxisphilosophie und konkrete Wissenschaft“ begann 2001. Die zugehörige Webseite versteht sich als Portal für die europäische Denklinie einer Philosophie der Praxis und stellt umfangreiches gesellschaftskritisches Studienmaterial zur Verfügung. Über überregionale Tagungen hinaus veranstaltet Müller ein örtliches Forum politische Philosophie.
Das PRAXIS-Konzept im Zentrum gesellschaftskritischer Wissenschaft. Beiträge und Quellen einer Tagung. BoD-Verlag, Norderstedt 2005, ISBN 3-8334-3737-5
Die Übergangsgesellschaft des 21. Jahrhunderts. Kritik, Analytik, Alternativen. Beiträge und Quellen einer Tagung. BoD-Verlag, Norderstedt 2007, ISBN 978-3-8334-9769-8
Von der Systemkritik zur gesellschaftlichen Transformation. Beiträge zur PRAXIS-Tagung 2010. BoD-Verlag, Norderstedt 2010, ISBN 978-3-8391-8822-4
Karl Marx, der Marxismus und die Philosophie der Praxis. Zur Re-Konzeptualisierung der politischen Philosophie. In: Aufklärung und Kritik, Sonderheft 10/2005, S. 179–193
Der Bogen Feuerbach, Marx, Bloch, Bourdieu. Realismus und Modernität des Praxisdenkens. In: Weigand Karlheinz (Hrsg.): Bloch-Almanach. Periodikum des Ernst-Bloch-Archivs der Stadt Ludwigshafen am Rhein. Jahrgang 24/2005, Talheimer Verlag, Mössingen-Talheim 2005, S. 9–28
Sozialwirtschaft als Systemalternative. In: Horst Müller (Hrsg.), Das PRAXIS-Konzept im Zentrum gesellschaftskritischer Wissenschaft. Norderstedt 2005, S. 254–289
Die Schranken der Kapitalwirtschaft und die Frage nach der konkreten Alternative. In: Zeitschrift Sozialismus, Heft 2/2007, S. 49–56
Transformationsprozesse der sozial-ökonomischen Praxis und Grundriss einer Systemalternative. In: Zeitschrift Widerspruch, Heft 47, München 2008, S. 89–104
Karl Marx und Immanuel Wallerstein. Utopistische Analysen zu den Krisen und Alternativen des 21. Jahrhunderts. In: Immanuel Wallerstein / Horst Müller, Systemkrise: Und was jetzt? Utopistische Analysen. Supplement der Zeitschrift Sozialismus 4/2010. ISBN 978-3-89965-956-6
Zur kritischen und utopistischen Wissenschaftskonzeption des Praxisdenkens. In: Horst Müller (Hrsg.), Von der Systemkritik zur gesellschaftlichen Transformation. Norderstedt 2010, S. 79–126.
Zur wert- und reproduktionstheoretischen Grundlegung und Transformation zu einer Ökonomie des Gemeinwesens. In: Horst Müller (Hrsg.), Von der Systemkritik zur gesellschaftlichen Transformation. Norderstedt 2010, S. 157–228.
Zur Fortentwicklung des Marxismus als dialektische Praxiswissenschaft im 21. Jahrhundert. In: Novkovic, Dominik / Akel, Alexander (Hrsg.): Karl Marx – Philosophie, Pädagogik, Gesellschaftstheorie und Politik. Aktualität und Perspektiven der Marxschen Praxisphilosophie. Kasseler Philosophische Schriften – Neue Folge 8. kassel university press GmbH, Kassel 2018, S. 251–281. ISBN 978-3-7376-5069-4[1]
Horst Müller: Wolfdietrich Schmied-Kowarzik. Solidarische Praxis in Allianz mit der Natur. Marx’ dialektische Praxisphilosophie für das 21. Jahrhundert. Westfälisches Dampfboot, Münster 2022. 205 S. In: International Review of Social History. 2023, Band 68, Nummer 2, S. 325–328 doi:10.1017/S0020859023000263.