Von 2001 bis 2003 arbeitete er bei der Europäischen Zentralbank und wurde mit 29 Jahren Juniorprofessor für Wirtschaftswissenschaften an der Freien Universität Berlin (FB Wirtschaftswissenschaften und John F. Kennedy Institut). Im Jahr 2005 wurde er in die Gründungsfakultät der Hertie School of Governance in Berlin berufen, wo er von 2007 bis 2012 auch Vizerektor war. Enderlein war dort Professor für Politische Ökonomie. Seit 2018 war er Präsident der Hertie School of Governance.[4]
Mitte Februar 2021 gab er mit Wirkung zum Ende des Monats seinen Rücktritt als Präsident der Hertie School aufgrund einer Krebserkrankung bekannt.[5]
Im Jahr 2011 beauftragten ihn Jacques Delors und Helmut Schmidt, für den Think-Tank Notre Europe eine Studie zur Zukunft des Euroraums zu koordinieren, die im Frühsommer 2012 erschien.[8] Im akademischen Jahr 2012–2013 war er der Pierre Keller-Gastprofessor für Wirtschaftspolitik an der Harvard Kennedy School[9] und am Weatherhead Center for International Affairs der Harvard University.[10]
Im Jahr 2013 wurde Enderlein als Sachverständiger in den unabhängigen Beirat des Stabilitätsrats gewählt. Die Finanzminister der Länder wählten ihn einstimmig in das Gremium, wo er gemeinsam mit weiteren Experten den Stabilitätsrat mit Experteneinschätzungen und Analysen unterstützen sollte.[11]
2014 wurde er Gründungsdirektor des Jacques Delors Instituts – Berlin, das auf Initiative des Ex-EU-Kommissionschefs Jacques Delors gegründet wurde.[12]
Henrik Enderlein war verheiratet und hatte vier Kinder. Im Mai 2021 erlag er einem Hautkrebsleiden (Melanom).[19][20] Er wurde auf dem Waldfriedhof Dahlem (Feld 006-2) beigesetzt.
Von 2006 bis 2012 leitete er ein von der Deutschen Forschungsgemeinschaft finanziertes Projekt über Schuldenkrisen und Staatsbankrotte innerhalb des Sonderforschungsbereichs 700: „Governance in Räumen begrenzter Staatlichkeit: Neue Formen des Regierens?“.[24]
Im Jahr 2012 sprach sich Enderlein in einem kontrovers diskutierten Gutachten für die Landesregierung Baden-Württemberg mit Koautoren für einen harten Konsolidierungskurs und die Aufnahme einer Schuldenbremse in die Landesverfassung aus.[25]
Enderlein gehörte zur „Glienicker Gruppe“, bestehend aus elf deutschen Ökonomen, Juristen und Politikwissenschaftlern, die im Herbst 2012 einen Vorschlag für eine „Euro-Union“ vorlegte.[26]
„[…] Wir müssen damit leben, dass die Mehrheit der Menschen nutzenmaximierend und rational vorgeht. Wenn das System falsch ist, müssen wir eben über das System reden und Anreize schaffen, dass es besser funktioniert.“
– Henrik Enderlein: Interview mit der taz (2008)[27]
Nationale Wirtschaftspolitik in der europäischen Währungsunion. Campus, 2004.
mit Sonja Wälti und Michael Zürn (Hrsg.): Handbook on Multi-Level Governance. Edward Elgar Publishing, 2010.
The euro and political union: do economic spillovers from monetary integration affect the legitimacy of EMU? In: Journal of European Public Policy. Band 13, Heft 7, Sep 2006, S. 1133–1146.
Adjusting to EMU: The impact of monetary union on domestic fiscal and wage-setting institutions. In: European Union Politics. 7/1, März 2006, S. 113–140.
EMU’s Teenage Challenge: what have we learned and can we predict from Political Science? In: Journal of European Public Policy. 16:4, Juni 2009, S. 490507.
mit Laura von Daniels und Christoph Trebesch: Sovereign Debt Disputes. In: Journal of International Money and Finance. Band 31, Heft 2, März 2012, S. 250–266.
↑Deutsch-Amerikanische Fulbright-Kommission (Hrsg.); Hakan Tosuner (Red.): Jahresbericht 2006/2007. (pdf; 22,4 MB) Januar 2008, S. 16, archiviert vom Original am 17. März 2011; abgerufen am 29. Mai 2021.