Im Laufe seiner weiteren diplomatischen Laufbahn wurde Wirajuda 1993 Direktor für Internationale Organisationen im Außenministerium. Anschließend erfolgte zwischen Oktober 1997 und Dezember 1998 eine Verwendung als Botschafter in Ägypten sowie danach bis Juli 2000 als Ständiger Vertreter bei den Vereinten Nationen und anderen Internationalen Organisationen in Genf. Nach seiner Rückkehr nach Indonesien war er anschließend von Juli 2000 bis August 2001 Generaldirektor für Politische Angelegenheiten im Außenministerium.
Am 6. Februar 2009 kritisierte Wirajuda in seiner Position als Außenminister Myanmar wegen der Behandlung von Menschen aus dem Volk der Rohingya. Ausgangslage war, dass Anfang des Jahres 2009 Rohingya als Bootsflüchtlinge in die Schlagzeilen kamen, nachdem Thailand ihnen eine Aufenthaltserlaubnis verweigert und etwa eintausend in einfachen motorlosen Booten auf die offene See abgeschoben hatte.[2][3] Rund 250 von ihnen wurden später vor den zu Indien gehörenden Andamanen gerettet und etwa 200 vor der Küste Acehs in Indonesien.[4] Der myanmarische Generalkonsul in Hongkong äußerte sich dazu in einem Brief an die „lieben Kollegen“ (des Diplomatischen Corps), in dem er den Rohingya mit Verweis auf deren dunkle Hautfarbe die Zugehörigkeit zu Myanmar absprach. Er bezeichnete sie als „hässlich wie Kobolde“ im Gegensatz zu den hellhäutigeren Birmanen[5].
Am 22. Oktober 2009 folgte ihm Marty Natalegawa als Außenminister.