Rothe war Leiter der Arbeitsgruppe Primatenethologie am Göttinger Institut für Anthropologie und bis zu ihrer Auflösung – infolge seiner Pensionierung – im Jahr 2008 zugleich Leiter einer 1973 begründeten Primaten-Haltung, die ab 1995 in der Ethologischen Station Sennickerode untergebracht war.[2][3] Seine Hauptarbeitsgebiete waren die Stammesgeschichte der Primaten einschließlich des Menschen und die Verhaltensbiologie nicht-menschlicher Primaten, insbesondere der Weißbüschelaffen, die in großen Kolonien in der Freilandstation Sennickerode lebten.[4] Rothe war zudem Autor und Co-Autor zahlreicher Publikationen zur Stammesgeschichte des Menschen.
Schriften (Auswahl)
Beobachtungen, Analysen und Experimente zum Handgebrauch von Callithrix jacchus Erxleben, 1777. Dissertation. Universität Kiel, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, Kiel 1971.
als Herausgeber: Biology and behaviour of marmosets. Proceedings of the Marmoset Workshop, Göttingen, W-Germany, September 2–5, 1977. Tagungsband, Göttingen 1978.
Die Stellung des Menschen im System der Primaten. Deutsches Institut für Fernstudien an der Universität Tübingen, Tübingen 1990.
mit Winfried Henke: Paläoanthropologie. Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg und New York 1994, ISBN 978-3-540-57455-2.
mit Winfried Henke: Zahnphylogenese der Hominiden. Quintessenz-Verlag, Berlin 1997.
mit Winfried Henke: Stammesgeschichte des Menschen. Eine Einführung. Springer Verlag, Berlin 1999, ISBN 3-540-64831-3.
mit Winfried Henke: Menschwerdung. Fischer, Frankfurt am Main 2003, ISBN 3-596-15554-1.
mit Bernhard Wiesemüller: Phylogenetische Systematik. Eine Einführung. Springer Verlag, 2003, ISBN 978-3-642-62841-2.
mit Winfried Henke und Ian Tattersall (Hrsg.): Handbook of Palaeoanthropology. Vol. I: Principles, Methods, and Approaches. Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg und New York 2007.