Von 1920 bis 1922 arbeitete Pernter im Handelsministerium. Ab 1922 war er Sekretär des Unterrichtsministers. 1925 wurde er zum Ministerialrat ernannt, 1932 zum Sektionschef. Von 1932 bis 1934 leitete er die Kunstsektion und die Bundestheater.
Von 29. Juli 1934 bis 14. Mai 1936 war er Staatssekretär im Bundesministerium für Unterricht, von 14. Mai 1936 bis 11. März 1938 Bundesminister für Unterricht. Als Staatssekretär unterzeichnete Pernter ein mit Benito Mussolini am 2. Februar 1935 im Palazzo Venezia in Rom geschlossenes österreichisch-italienisches Kulturabkommen.[2]
Im April 1936 wurde Pernter im Rahmen der Umgestaltung der paramilitärischen Ostmärkischen Sturmscharen in eine kulturpolitische Organisation deren stellvertretender Reichsführer.[3] Im Juli 1936 wurde er in den Führerrat der Vaterländischen Front berufen.[4]
Am 17. April 1945 war Pernter einer der Mitbegründer der ÖVP im Wiener Schottenstift, deren geschäftsführender Parteiobmann er wurde. Nach dem Krieg übernahm er wieder die Kunstsektion im Unterrichtsministerium als Sektionschef.
Von 1945 bis 1949 war er Abgeordneter zum österreichischen Nationalrat.
Gertrude Enderle-Burcel, Michaela Follner: Diener vieler Herren. Biographisches Handbuch der Sektionschefs der Ersten Republik und des Jahres 1945. Hrsg. durch das Dokumentationsarchiv des österreichischen Widerstandes und die Österreichische Gesellschaft für historische Quellenstudien, Wien 1997, ISBN 3-901142-32-0, S. 337–339.