Dieser Artikel beschreibt die Handball-Regionalliga der Männer in Deutschland. Für den gleichnamigen Frauen-Wettbewerb siehe Handball-Regionalliga (Frauen) 1999/2000.
Die Handball-Regionalliga startete in der Saison 1999/2000 mit fünf Ligen: Süd, Südwest, West, Nord und Nordost. Die Neustrukturierung der Regionalliga nach der Saison 1999/2000 sorgte dafür, dass von den angetretenen 104 Vereinen insgesamt 25, also fast ein Viertel, die Klasse verlassen mussten. Die Regionalligen Süd und West lösten ihre zweiten Staffeln auf. Hinzu kam mit der Regionalliga Mitte – für fünf Jahre – eine sechste Regionalliga. Am Ende der Spielzeit stiegen folgende Mannschaften in die 2. Bundesliga auf.