Germigny liegt etwa 21 Kilometer nordöstlich von Auxerre. Durch die Gemeinde führt der Canal de Bourgogne. Der kleine Fluss Armançon begrenzt die Gemeinde im Süden. Umgeben wird Germigny von den Nachbargemeinden Beugnon im Norden, Soumaintrain im Nordosten, Butteaux im Osten und Südosten, Jaulges im Süden, Chéu im Süden und Südwesten sowie Saint-Florentin im Westen.