Die Saison 2020/21 war die 31. Spielzeit der Verbandsliga Sachsen-Anhalt und die 13. als sechsthöchste Spielklasse im Fußball der Männer in Deutschland. Sie begann am 14. August 2020 mit dem Spiel zwischen dem SSV Gardelegen und dem FC Grün-Weiß Piesteritz (3:1) und endete am 25. Oktober 2020 mit dem 10. Spieltag.
Der FSA gab am 29. Oktober 2020 bekannt, dass aufgrund der steigenden Infektionszahlen infolge der COVID-19-Pandemie der Spielbetrieb in der Verbandsliga Sachsen-Anhalt zunächst für den gesamten November ausgesetzt wird. Am 19. November 2020 entschied der Verband, seinen gesamten Spielbetrieb bis zum Jahresende auszusetzen.
Nach weiteren Aussetzungen des Spielbetriebs am 14. Januar 2021 und am 12. Februar 2021 beschloss der Vorstand im Rahmen seiner Sitzung am 15. März 2021, den gesamten Spielbetrieb in allen Spielklassen des Landesverbandes abzubrechen.
Der FC Einheit Wernigerode stieg als bestplatzierte Mannschaft gemäß der Quotientenregelung auf der Grundlage des Tabellenstandes zum Zeitpunkt des Abbruchs in die Oberliga Nordost auf. Sowohl einen Meister als auch Absteiger in die Landesliga gab es hingegen nicht.
Da die Mannschaften jeweils eine unterschiedliche Anzahl an Spielen absolviert hatten, war eine Quotientenregelung zur Ermittlung der Abschlussplatzierungen nötig. Dabei wurden die Punkte durch die absolvierten Spiele geteilt. Bei Punktegleichstand wurde folgende Regelung angewendet:
Die Kreuztabelle stellt die Ergebnisse aller Spiele dieser Saison dar. Die Heimmannschaft ist in der linken Spalte, die Gastmannschaft in der oberen Zeile aufgelistet.