Im Vergleich zur Saison 1988/89 war der Lüneburger SK aus der Oberliga Nord abgestiegen, während der TuS Esems aufgestiegen war. Die drei Absteiger TuS Hessisch Oldendorf, TSR Olympia Wilhelmshaven und SV/MTV Winsen/Luhe hatten die Verbandsliga verlassen und wurden durch die beiden Aufsteiger TuS Celle (Wiederaufstieg nach vier Spielzeiten) und SC Harsum (erstmals in der höchsten niedersächsischen Amateurliga) ersetzt.
Die Meisterschaft und Teilnahme an der Aufstiegsrunde zur Oberliga Nord sicherte sich TuS Celle. Als Zweit- und Drittplatzierter durften der VfR Osterode 08 und Eintracht Nordhorn ebenfalls teilnehmen. Celle und Nordhorn konnten sich durchsetzen und stiegen somit auf. Die Mannschaften auf den beiden letzten Plätzen mussten absteigen. Die Amateurmannschaft von Hannover 96 verließ die Liga nach vier Spielzeiten wieder, der ASC Nienburg nach fünf Spielzeiten.