Skuherský war Sohn eines Arztes, der in den Diensten der Fürsten Colloredo-Mansfeld in Opočno stand und dort 1833 ein allgemeines Krankenhaus gründete. Er studierte Philosophie und vier Semester Medizin an der Karls-Universität in Prag. Daneben studierte er seit 1847 an der Prager Orgelschule bei Karl Franz Pitsch und Johann Friedrich Kittl und veröffentlichte erste Kompositionen unter dem Pseudonym Opočenský.
Skuherský komponierte neben Klavier- und Orgelwerken auch eine Sinfonie, eine sinfonische Dichtung, Messen, Motetten sowie Opern. Zudem verfasste er die Schrift O formách hudebních, die auch in deutscher Sprache unter dem Titel Die musikalischen Formen (1879) erschien.
Werke
Tri písne z Rukopisu královédvorského, Lieder, 1852
Der Rekrut, Oper, Libretto von Emanuel Züngel nach Vor hundert Jahren von Ernst Raupach, vor 1866, tschechische Version: Rektor a generál (Rektor und General), 1873
Symfonie, 1877
Tri fugy pro orchestr (Drei Fugen für Orchester), 1883–4