Der Flugplatz liegt im Ostteil der kleinen Insel Düne, die sich rund 1 km östlich der Helgoländer Hauptinsel und 44 km nördlich der ostfriesischen Insel Wangerooge befindet. Zur Hauptinsel kann man mit einem tagsüber regelmäßig verkehrenden Fährboot übersetzen. Die Verbindung vom Flugplatz zum Fähranleger wird durch ein Taxi hergestellt.
Die drei Landebahnen sind im Vergleich zu anderen Flugplätzen relativ kurz. Die Landebahn 15/33 wurde im Jahr 2005 von 400 m auf 480 m verlängert und am 6. Mai 2006 offiziell in Betrieb genommen. Damit wurden europäische Vorschriften, die den gewerbsmäßigen Flugverkehr mit mehrmotorigen Flugzeugen betreffen, erfüllt. Es sind keine Überrollflächen (Overruns) vorhanden.
Um den Flugplatz anfliegen zu dürfen, ist eine Mindestflugerfahrung von 100 Stunden als verantwortlicher Flugzeugführer und Erfahrung auf kurzen Runways erforderlich. Der Pilot soll die Hauptinsel Helgoland nach Möglichkeit nicht überfliegen. Die Flugplanpflicht für Flüge nach Helgoland mit Motorflugzeugen ist aufgehoben worden, jedoch müssen für Flüge mit dreiachsgesteuerten Ultraleichtflugzeugen und Motorseglern nach wie vor Flugpläne aufgegeben werden.
Es gibt Ampeln, Tonsignale und Hinweisschilder, die durch die Dünen spazierende Fußgänger vor landenden und startenden Flugzeugen warnen.
Am 24. März 1974 kam es auf der Bahn 15 zu einem unautorisierten Aufsetz- und Durchstartmanöver (balked landing) einer Boeing 737-200 der Deutschen Lufthansa, die sich auf einem Leerflug über der Nordsee befand. Das Manöver wurde von mehreren Kurgästen beobachtet und fotografisch festgehalten.[5]