Flez-Cuzy liegt etwa 57 Kilometer nordöstlich von Nevers. Die Yonne begrenzt die Gemeinde im Westen. Nachbargemeinden von Flez-Cuzy sind Metz-le-Comte im Norden, Vignol im Osten, Dirol im Süden, Saint-Didier im Westen und Südwesten sowie Tannay im Westen und Nordwesten.