Auf der 1985 eingeführten ersten Version der Flagge war das Wappen kleiner und in einem weißen Kreis dargestellt, die heutige Version der Flagge wurde zwischen 1999 und 2002 angenommen.
Blue Ensign, bis etwa 1999
Weitere Flaggen des Territoriums
Der Kommissar Südgeorgiens und der Südlichen Sandwichinseln verfügt über eine eigene Flagge in Form des Union Jacks mit dem Wappen des Territoriums. Da der Zivilkommissar Südgeorgiens und der Südlichen Sandwichinseln gleichzeitig der Gouverneur der Falklandinseln ist, findet die Zivilkommissarsflagge nur Verwendung, wenn er sich im Territorium Südgeorgiens und der Südlichen Sandwichinseln aufhält. In der ursprünglichen Version dieser Flagge war anstelle des Wappens nur der Wappenschild abgebildet. Blue Ensigns mit dem Wappenschild anstelle des Wappens sind ebenfalls überliefert, ihre Herkunft und Verwendung jedoch ungewiss.
Argentinien erhebt auf die Inseln Anspruch und sieht sie als Teil seiner Provinz Tierra del Fuego.