Die Estnische Fußballmeisterschaft wurde 1946 zum insgesamt 23. Mal als höchste estnischeFußball-Spielklasse der Herren ausgetragen. Die Saison begann am 19. Mai 1946 und endete am 6. Oktober 1946. Die Fußballmannschaft der Baltischen Flotte konnte die Meisterschaft gewinnen.
In der Saison 1946 traten 6 Vereine in insgesamt 30 Spielen gegeneinander an. Jedes Team spielte jeweils einmal zu Hause und auswärts gegen jedes andere Team. Es galt die 2-Punkte-Regel. Bei Punktgleichheit zählte der direkte Vergleich.